Markerji DNA razlikujejo med neškodljivimi, smrtonosnimi bakterijami

Genetic Markers | RAPD, RFLP, AFLP (Julij 2019).

Anonim

Virulentni patogen, ki povzroča bolezen tularemijo ali "kunčje vročice", je bil v času preteklih svetovnih vojn orožje in velja za potencialnega biološkega orožja. Z novo študijo o coccobacillus Franciselli raziskovalci nacionalnega laboratorija Los Alamos delajo za uporabo markerjev DNA, da bi razbrali povezane, a relativno neškodljive vrste, kot so identificirani, in jim dati sredstva, da jih ločijo od škodljivega F. tularensisa.

"Ta velika študija je še posebej opazna za uporabo 31 javno dostopnih genomov plus genov iz približno 90 dodatnih izolatov, " pravi avtor Cheryl Kuske iz skupine Bioenergy & Biome Sciences v Nacionalnem laboratoriju Los Alamos. Prispevek je bil objavljen v aktualni številki Applied and Environmental Microbiology (AEM).

Delo skupine vključuje razvoj celovitega razumevanja organizmov in njihovega okolja, ki temelji na genomih, kot del raziskav energetske varnosti laboratorija o energetskih virih in njihovem vplivu. "Izvedli smo standardne enojne in večgenovske primerjave s pristopi celokupnega genoma in ugotovili morebitne dejavnike virulence, da bi diskriminirali nove vrste iz bolj tradicionalnega sklopa. Zahvaljujoč usklajevanju s centri za nadzor bolezni in preprečevanje (CDC) imamo zdaj okvir za ugotavljanje novih izolatov ali okoljskih zaznav, tudi če so na voljo le delne informacije, "je dejal Kuske.

Ljudje zlahka razvijejo tularemijo zaradi nenamernega stika z okuženimi kunci, mačkami, glodavci ali drugimi živalmi (ter klopi ali bolhami, ki so lahko na njih). Bolezen se kaže v različnih oblikah: zvišana telesna temperatura in mrzlica z bolečino v sklepih, kašelj ali pljučnica ali bolečine v trebuhu in stres. Obseg fatalnosti je odvisen od oblike bolezni od 2 do 24 odstotkov, glede na podatke CDC. Zaradi te resnosti je CDC naredil tularemijo bolezen, ki jo je treba poročati, in podobno kot povzročitelji povzročiteljev antraksa in kuga, se šteje za biološko orožje.

Z natančnimi primerjavami genoma, algoritmi za poravnavo zaporedja in drugih orodij za bioinformatiko, ki se izvajajo na računalnikih Los Alamos, je ekipa Los Alamos identificirala značilnosti, ki se razlikujejo med F. tularensisom in drugimi novimi kliničnimi in okoljskimi izolati Francisella, ki zagotavljajo bazo znanja za primerjavo novih zaporedij klinične ali okoljske raziskave.

"Za prebivalce območij, kot je jugozahod, kjer so tularemski izbruhi endemični in potencialno smrtno nevarni, je obsežnejša identifikacijska orodja izjemno dragocena, " je dejal Kuske. Porazdelitev teh izolatov je globalna, vendar kaže na svetovno porazdelitev organizmov Franciselle, ki naseljujejo ribe, klopke in različne okoljske vire. Ekipa je v rodu določila štiri nove vrste vrst; Francisella opportunistica, oportunistični patogen imunsko kompromitiranih bolnikov; Francisella salina in Francisella uliginis, okoljski izolati iz obalne morske vode v bližini Galvestona, TX; in Francisella frigiditurris iz hladilne stolpnice v Kaliforniji.

menu
menu